Vojno tužiteljstvo u Osijeku je nakon provedene istrage, 3. kolovoza 1992. podiglo optužnicu pred Vojnim sudom u Osijeku. Na glavnoj raspravi od 20. siječnja 1993. vojni tužitelj je prije početka glavna rasprave, iz razloga svrsishodnosti, predložio je da se desetorici okrivljenika sudi odmah, a da se u odnosu na ostale okrivljenike kazneni postupak razdvoji i posebno dovrši. Nakon provedenog dokaznog postupka Vojni sud u Osijeku je presudom od 20. siječnja 1993. navedene okrivljenike je proglasio krivima, zbog krivičnog djela protiv Republike Hrvatske – najteži oblik krivičnog djela oružane pobune iz čl. 236. o st. 1. i 2. u svezi s čl. 236. f st. 1. KZ RH, a kažnjivo po čl. 236. o st. 2. KZ RH, te su osuđeni na kaznu zatvora u trajanju od 20 godina.
Rješenjem Županijskog suda u Osijeku, a primjenom Zakona o općem oprostu obustavljen je krivični postupak protiv 35-rice okrivljenika dok je rješenjem istog suda primjenom istog zakona obustavljen postupak izvršenja kazne protiv desetorice osuđenika.
U svezi zločina počinjenog u Borovom Selu ovo državno odvjetništvo je nakon provedene kriminalističke obrade i istrage podiglo optužnicu protiv hrvatskih državljana M. M. (1947.), J. J. (1955.), D. R. (1967.) i M. M. (1963.) zbog kaznenog djela ratnog zločina protiv ranjenika i bolesnika iz čl. 121. Osnovnog krivičnog zakona RH i zbog kaznenog djela ratnog zločina protiv ratnih zarobljenika iz čl. 122. OKZ-a RH te protiv J. V. (1959.) zbog kaznenog djela ratnog zločina protiv ratnih zarobljenika iz čl. 122. Osnovnog krivičnog zakona RH počinjenih prema zarobljenim policajcima Z. M. (1959.), D. K. (1968.), B. C-K. (1965.) i I. K. (1966.).
Suđenje je provedeno samo protiv prvooptuženog M. M. koji je jedini od optuženika nazočan i nalazi se u pritvoru, za razliku od ostalih optuženika koji nisu dostupni državnim tijelima RH. Presudom Županijskog suda u Osijeku je proglašen krivim te mu je izrečena kazna zatvora u trajanju od 3 godine i 6 mjeseci. Protiv navedene presude ovo je državno odvjetništvo podnijelo žalbu Vrhovnom sudu RH zbog odluke o kazni.
U svezi pogibije 23 civila u selu Medari tijekom redarstvene akcije „Bljesak“, temeljem kaznene prijave protiv nepoznatog počinitelja od 15. rujna 2010., temeljem prijedloga ovog državnog odvjetništva je provedeno više istražnih radnji, a u suradnji s nadležnim policijskim upravama provodi se intenzivna kriminalistička obrada radi utvrđivanja svih okolnosti događaja i pronalaska počinitelja.