Županijsko državno odvjetništvo u Zagrebu podiglo je 12. siječnja 2015. pred Županijskim sudom u Zagrebu spomenutu optužnicu koja do danas nije bila predmet razmatranja optužnog vijeća.

O namjeri podizanja optužnice Županijsko državno odvjetništvo u Zagrebu bilo je dužno sukladno odredbi čl. 42. st. 1. Zakona o državnom odvjetništvu izvijestiti Državno odvjetništvo Republike Hrvatske, što je propustilo učiniti. Tek nakon podizanja spomenute optužnice, 14. siječnja 2015., izvijestilo je Državno odvjetništvo Republike Hrvatske, koje zbog toga nije imalo priliku ranije raspravljati o njezinoj pravnoj kvaliteti i činjeničnoj utemeljenosti.

Na raspravama koje su vođene na dvije sjednice Kaznenog odjela, a koje je zakazao voditelj Kaznenog odjela Državnog odvjetništva Republike Hrvatske, nesporno je zaključeno da se u konkretnom slučaju radi o predmetu od posebnog državnog interesa u kojem se pojavljuju složena pravna i činjenična pitanja. To je sukladno čl. 42. st. 1. Zakona o državnom odvjetništvu nametalo obvezu Županijskom državnom odvjetništvu u Zagrebu da izvijesti Državno odvjetništvo Republike Hrvatske o već poduzetim radnjama kao i o svojim daljnjim namjerama, odnosno o namjeri podizanja optužnice.
Isto tako, zaključeno je da optužnica i postupak prije njezinog podizanja trpe znatne nedostatke u smislu čl. 356. st. 1. Zakona o kaznenom postupku. Naime, tijekom provedene istrage nisu poduzete sve radnje kako bi se prikupili dokazi o odlučnim činjenicama od kojih zavisi zaključak o postojanju svih bitnih obilježja kaznenih djela koja se okrivljenicima stavljaju na teret. Ovakvim načinom rada u prethodnom kaznenom postupku i ovakvom manjkavom optužnicom nisu ispunjeni zakonski uvjeti postupanja i optuživanja kao niti profesionalni standardi progona u predmetima ratnih zločina propisani Naputkom Glavnog državnog odvjetnika Republike Hrvatske broj O-4/08.

Zbog navedenog, Glavni državni odvjetnik Republike Hrvatske je 6. veljače 2015. dao obvezni naputak sukladno odredbi čl. 54. st. 1. i 3. Zakona o državnom odvjetništvu i naložio povlačenje optužnice koja je povučena sa Županijskog suda u Zagrebu s današnjim danom.

Smatrajući da je za propuste i nepravilnosti u radu kojima je dovedeno u pitanje uredno i zakonito funkcioniranje sustava državnog odvjetništva u cjelini, odgovorna Željka Pokupec kao županijska državna odvjetnica, Glavni državni odvjetnik Republike Hrvatske je od imenovane zatražio podnošenje ostavke s te dužnosti. Željka Pokupec je 6. veljače 2015. podnijela zahtjev za razrješenje s dužnosti županijske državne odvjetnice.