Nadležna državna odvjetništva su protiv Gorana Hadžića inicirala slijedeće postupke:

1. Povodom optužnice Županijskog državnog odvjetništva u Šibeniku - 28. veljače 1995. - Županijski sud u Šibeniku donio je osuđujuću presudu protiv Gorana Hadžića i dr. zbog kaznenih djela ratnog zločina protiv civilnog stanovništva iz čl. 120. OKZ RH, kaznenog djela upotrebe nedopuštenih sredstava borbe iz čl. 126. OKZ RH i uništavanja kulturnih i povijesnih spomenika iz čl.130. OKZ RH.
Goran Hadžić proglašen je krivim da je od veljače 1993. pa dalje, kao predsjednik tzv. Republike Srpske Krajine (dalje: RSK), zajedno i u dogovoru s Đorđem Bjegović kao ministrom obrane, davao naloge vojnom vrhu RSK, pa su Mile Novaković protiv kojeg je zbog obnove postupka istraga još u tijeku, a koji je bio komandant oružanih snaga RSK, i Kosta Novaković kao zamjenik komandanta oružanih snaga RSK, protivno pravilima međunarodnog prava izdavali naređenja jedinicama da se iz tenkovskog i raketnog oružja tipa Orkan i Oganj, a koja su raketna oružja kao borbena sredstva zabranjena, napadaju grad Šibenik te okolna mjesta Pirovac, Zaton, Vodice, Srimu, Lozovac, Bilice, uslijed čega su civili smrtno stradali ili su teško tjelesno ozlijeđeni, te naredili uništenje spomenika i građevina namijenjenih humanitarnim svrhama.
Za ovo kazneno djelo Županijski sud u Šibeniku izrekao mu je kaznu zatvora u trajanju od 20 godina.

2. Nakon provedenog postupka, a na temelju optužnice Županijskog državnog odvjetništva u Osijeku - 12. svibnja 1999. - Županijski sud u Osijeku donio je osuđujuću presudu protiv Gorana Hadžića zbog kaznenog djela udruživanja radi činjenja kaznenih djela protiv vrijednosti zaštićenih međunarodnim pravom iz čl. 187. st. 1. Kaznenog zakona.
Županijski sud u Osijeku proglasio ga je krivim i osudio na kaznu zatvora u trajanju od 8 godina (maksimalna kazna), zbog toga što je kao predsjednik Vlade Srpske oblasti Slavonija, Baranja, i Zapadni Srem, u drugoj polovici 1991. i prvoj polovici 1992. godine djelujući u sklopu općeg plana stvaranja tzv. Velike Srbije, svojim političkim i javnim istupima navodio i usmjeravao srpsko pučanstvo da se vojno organizira i udruži radi protjerivanja cjelokupnog nesrpskog pučanstva kao i uništavanja njihovih povijesnih i kulturnih obilježja, pa su u ostvarenju njegovih nakana Jovan Rebrača, Mile Jajić, Savo Šarčević, Dušan Rebrača, Božo Vidaković, Dragan Čugalj, Savo Grnović i Dušan Vidović u naselju Tenja organizirani u tzv. Teritorijalnu obranu, ali i druge neformalne skupine, djelujući prema njegovim smjernicama, organizirali i provodili prisilne radove za Hrvate i pripadnike drugih nesrpskih naroda, ograničavali im slobodu kretanja, provodili zastrašivanja i prijetnje smrću, pljačkanje njihove imovine, miniranje kuća, pa su tako ubijene 23 osobe, da bi konačno 20. travnja 1992. iz okupirane Tenje bilo protjerano 98 Hrvata i pripadnika drugih nacionalnosti.
Kao što je gore navedeno, za ovo kazneno djelo izrečena mu je gornja granica propisane kazne od osam godina zatvora.

3. Županijsko državno odvjetništvo u Osijeku podiglo je 24. prosinca 2002. - optužnicu protiv Veljka Kadijevića, Blagoja Adžića, Zvonka Jurjevića, Božidara Stevanovića, Mile Mrkšića, Veselina Šljivančanina, Miroslava Radića, Vojislava Šešelja i Gorana Hadžića zbog kaznenih djela ratnih zločina protiv civilnog stanovništva iz čl. 120. OKZ RH, protiv ratnih zarobljenika iz čl. 122. OKZ RH, protiv ranjenika i bolesnika iz čl. 121. OKZ RH i uništavanja kulturnih i povijesnih spomenika iz čl. 130. OKZ RH.
Tereti ih se da su od kolovoza do 18. studenog 1991. na području općine Vukovar, prilikom oružane agresije bivše tzv. JNA i pridruženih paravojnih četničkih postrojbi na Republiku Hrvatsku, s ciljem protjerivanja i ubijanja cjelokupnog nesrpskog pučanstva u gradu Vukovaru te uništavanja svih kulturnih i povijesnih obilježja hrvatskog naroda i okupacije toga teritorija, protivno odredbama Ženevske konvencije o zaštiti građanskih osoba u vrijeme rata i Dopunskog protokola toj konvenciji - Konvenciji o zaštiti žrtava međunarodnih oružanih sukoba, Ženevskoj konvenciji o postupanju s ratnim zarobljenicima, Ženevskoj konvenciji za poboljšanja položaja ranjenika i bolesnika u oružanim snagama i Konvencije za zaštitu kulturnih dobara u slučaju oružanog sukoba; izravno zapovijedali i izvršavali zapovijedi o borbenom djelovanju prema Vukovaru u namjeri da se branitelji pokore, a grad uništi i osvoji.
Za postupanje u ovom predmetu određeno je kao nadležno Županijsko državno odvjetništvo u Osijeku, a ovoj su optužnici pripojene optužnice Županijskog državnog odvjetništva u Bjelovaru od 16. studenog 1992. i Županijskog državnog odvjetništva u Osijeku od 18. svibnja 2006., obje protiv Veljka Kadijevića i Zvonka Jurjevića, te je naknadno Županijskom sudu u Osijeku 23. listopada 2007. podnesena precizirana optužnica. Toj je optužnici pripojena i optužnica Županijskog državnog odvjetništva u Osijeku od 26. studenog 2007. protiv Miroslava Radića.

U svezi postupaka protiv Gorana Hadžića i drugih osoba, po optužnici Županijskog državnog odvjetništva u Osijeku od 24. prosinca 2002., državno odvjetništvo je:

Od 2007. godine pretraživalo Baze podataka Međunarodnog kaznenog tribunala u Den Haag-u. Tim pretragama je pronađena i nakon toga pribavljena dokumentacija koja je važna za dokazivanje u tom postupku, ali i u drugim postupcima protiv pripadnika bivše JNA i vojnih ili paravojnih formacija bivše JNA i tzv. RSK zbog ratnih zločina počinjenih na teritoriju Republike Hrvatske i izvan njezina teritorija u logorima na području Republike Srbije. U ovom predmetu također je preko Tužilaštva za ratne zločine Republike Srbije pribavljena određena dokumentacija.
Osim pomoći i dokaza koje je pribavilo od Međunarodnog kaznenog tribunala u Den Haag-u, Državno odvjetništvo Republike Hrvatske surađuje s Tužiteljstvom Međunarodnog kaznenog tribunala kojem su dostavljani podaci o svim našim saznanjima o mogućim lokacijama na kojima bi se krio Goran Hadžić.

Podsjećamo kako je Državno odvjetništvo Republike Hrvatske davno obavijestilo nadležna međunarodna tijela kako je spremno voditi postupak protiv Gorana Hadžića. Stoga je Državno odvjetništvo Republike Hrvatske Glavnom tužitelju Ureda tužiteljstva Međunarodnog kaznenog tribunala u Den Haag-u 14. kolovoza 2008. uputilo pismo u kojem ga obavještava kako očekuje da će Goran Hadžić po međunarodnoj tjeralici biti izručen upravo hrvatskom pravosuđu, posebno imajući činjenicu da su na teritoriju Republike Hrvatske počinjeni teški zločini za koje bi Goran Hadžić trebao snositi odgovornost i za koja su u Republici Hrvatskoj pokrenuti postupci.