Nadležno Županijsko državno odvjetništvo u Zagrebu je donijelo 14. srpnja 1997. rješenje o odbačaju kaznene prijave protiv Josipa Perkovića, zbog kaznenog djela ubojstva počinjenog na štetu Stjepana Đurekovića i dr.  iz članka 34. stavka 1. i 2. bivšeg Krivičnog zakona Republike Hrvatske, koje je dostavljeno podnositelju prijave i Upravi kriminalističke vojne policije.
Uvidom u spis Županijskog državnog odvjetništva u Zagrebu broj KTv-120/97 (broj KTv u to vrijeme je korišten za oznaku spisa koji su preuzeti od vojnog tužiteljstva koje je prestalo s radom) proizlazi da je kaznenu prijavu protiv Josipa Perkovića zbog kaznenog djela iz članka 34. stavka 1. i 2. bivšeg Krivičnog zakona Republike Hrvatske i dr., 31. listopada 1994. bivšem Vojnom tužilaštvu u Zagrebu podnijelo Ministarstvo obrane, Sigurnosno informativna služba pod brojem 512-18-01-94-6298.
Nakon izvida koje je provela vojna policija, a tijekom kojih je ispitan veliki broj osoba, među kojima i osumnjičeni Perković, a također je pribavljena dostupna dokumentacija zamjenica tadašnjeg županijskog državnog odvjetnika u Županijskom državnom odvjetništvu u Zagrebu 14. srpnja 1997. odbacila je kaznenu prijavu SIS-a za prijavljena kaznena djela, s obrazloženjem da iz same kaznene prijave te iz rezultata provedenih izvida ne proizlazi osnovana sumnja da bi Josip Perković i dr. počinili kaznena djela koja im se prijavom stavljaju na teret.

Nakon toga, kaznenu prijavu protiv Josipa Perkovića zbog kaznenih djela teških ubojstava iz članka 91. stavak 1. točka 7. Kaznenog zakona je podnio Nikola Štedul koji u toj prijavi navodi kako je Josip Perković odgovoran za organiziranje pet kaznenih djela teških ubojstava. Tijekom 1999. godine su provedeni dodatni izvidi s ciljem prikupljanja dodatnih obavijesti i dokaza na temelju kojih bi se mogla ocijeniti osnovanost ove prijave. Kako se tom prijavom  Josipu Perkoviću stavlja na teret organiziranje ubojstva Stjepana Đurekovića i dr., te pokušaja ubojstva podnositelja Nikole Štedula, to su zatraženi podaci odnosno dokumentacija od Komisije za utvrđivanje ratnih i poratnih žrtava, a također su provedeni izvidi i druge radnje.
S obzirom da provedeni izvidi nisu rezultirali novim činjenicama i dokazima, drugi zamjenik koji je tada postupao u predmetu utvrdio je kako je ranije rješenje osnovano i o tome obavijestio podnositelja.

Državno odvjetništvo Republike Hrvatske odnosno zamjenik glavnog državnog odvjetnika zadužen za međunarodnu pravnu pomoć je, nakon zahtjeva za pružanje međunarodne pravne pomoći 2005. godine, izvršio uvid u spis nadležnog državnog odvjetništva te sukladno zahtjevu prikupio i dodatne podatke nakon čega su 2006. godine predstavnici POA-e, Ravnateljstva policije i Državnog odvjetništva Republike Hrvatske upoznali njemačku policiju i tužiteljstvo sa stanjem predmeta te im je zamjenik zadužen za predmet predao traženu dokumentaciju. Ujedno je od njemačke strane zatraženo da naprave preslike pojedinih dijelova svojeg spisa kako bi se na temelju tih podataka prikupila dodatna saznanja koja bi mogla biti od pomoći njemačkim tužiteljima i još jednom razmotrila osnovanost ranije donesenih odluka u Republici Hrvatskoj.

Nakon uvida u sva dostavljena nam pismena ocijenjeno je kako ista ne daju osnova za drugačiju odluku od one koja je donesena 1997. godine, što potvrđuju i kasniji podaci u vezi postupka koji je vođen pred njemačkim pravosuđem, a koji nisu bili poznati u vrijeme donošenja odluke.

Pred Vrhovnim Pokrajinskim sudom u Münchenu 3. ožujka 2006. je počelo suđenje Krunoslavu Pratesu koje je prekinuto 18. svibnja 2006. kada je Krunoslav Prates pušten na slobodu. Postupak je nastavljen tek nakon što je 6. siječnja 2008. Vinko Sindičić dao izjavu koja je dala osnove za nastavak vođenja postupka. Tijekom suđenja 21. veljače 2008. Vinko Sindičić je dao iskaz na temelju kojeg je Krunoslav Prates osuđen.
Međutim, Vinko Sindičić je naknadno dao javnom bilježniku u Berlinu izjavu kojom je u cijelosti povukao svoje iskaze dane njemačkim pravosudnim tijelima.

Vezano na navode u pojedinim medijima kako je zastara u ovom predmetu nastupila tek 29. srpnja 2008. u samom Ustavu i zakonima nema uporišta za ovakvu tvrdnju.  Kako se primjenjuje Ustav iz 1990. godine kojim je ukinuta smrtna kazna, zastara je nastupila 29. srpnja 1998. Naime, riječ je o organskoj i egzistencijalnoj povezanosti dvadesetogodišnje kazne zatvora sa smrtnom kaznom, jer ako nema smrtne kazne nema ni kazne zatvora od dvadeset godina, Bez obzira na izneseno stajalište, pa i moguća druga mišljenja, sama činjenica da je nakon donošenja državnoodvjetničke odluke u predmetu nastupila zastara, nije bila od značaja za kasniji rad u ovom predmetu.

Moramo istaknuti kako su neutemeljene  tvrdnje kako državno odvjetništvo nije surađivalo s nadležnim tužiteljima u Njemačkoj, kako je štitilo Josipa Perkovića. Te tvrdnje naprosto nemaju osnova.

Savezna Republika Njemačka ima suvereno pravo voditi kazneni postupak protiv osoba za koje smatra da su odgovorne za ubojstvo Stjepana Đurekovića, jer je na njezinom  teritoriju počinjeno  ubojstvo. U ostvarenju tog prava je zatražila pružanje međunarodne pravne pomoći od nadležnih pravosudnih tijela Republike Hrvatske, koja su joj tu pomoć i pružila.

Državno odvjetništvo je potpuno i transparentno surađivalo s njemačkom stranom, te im je stavilo na raspolaganje sva saznanja i dokumentaciju o čemu svjedoči i dopis Generalnog državnog odvjetnika pri Vrhovnom sudu Savezne Republike Njemačke, broj 3BJs 28/04-2(7) od 15. studenog 2006. upućen Državnom odvjetništvu Republike Hrvatske, kojim "… vrlo srdačno zahvaljuje na dobroj suradnji bez pridržanih ograničenja pri izvođenju ovdašnje zamolbe pravne pomoći".

Slijedom iznijetog, samo možemo ponoviti kako je o mogućem pokretanju postupka protiv Josipa Perkovića nadležno državno odvjetništvo odlučivalo još 1997. godine kada je odbacilo prijavu, dakle u vrijeme kada još nije nastupila zastara za kazneno djelo iz članka 34. tadašnjeg Krivičnog zakona Republike Hrvatske.